2-1-2- تولید فایتوتوکسین توسط Pss 7

2-1-3- دامنه میزبانی 7

2-1-4- بیماریزایی P. syringae 8

2-2- آرابیدوپسیس 9

2-3- واکنش Real-time RT-PCR 10

2-3-1- بیان ژن (Gen Expression) 11

2-4- دفاع در گیاهان 11

2-4-1- مقاومت ساختاری و القایی 12

2-4-2- مقاومت سیستمیک اکتسابی Systemic Aquired Resistance (SAR) 14

2-4-3- مقاومت سیستمیک القایی Induced Systemic Resistance (ISR) 17

2-4-4- پاسخ دفاعی 18

2-4-5- سیگنال های موجود در مقاومت به بیماری های گیاهی 18

2-4-6- تشخیص الیسیتورهای باکتریایی توسط سلول های گیاهی 21

2-4-7- همکنش گیاه- Pseudomonas syringae 24

2-4-8- تغییرات در سطح سلول 26

2-5- نقش دفاعی هورمون ها در گیاهان 27

2-5-1- هورمون سالیسیلیک اسید 29

2-5-2- هورمون جاسمونیک اسید 29

2-5-3- هورمون اتیلن 29

2-5-4- هورمون آبسیزیک اسید 30

2-5-5- هورمون اکسین 31

2-6- همکنش مسیر های هورمونی (Cross-talk) 32

2-6-1- اثر آنتاگونیستی SA بر سیگنالینگ JA 36

2-7- القاگرهای شیمیایی دفاعی در گیاهان 37

2-8- بررسی تعدادی از ژن های مرتبط با دفاع در گیاهان 38

2-8-1- ژن PDF1.2 38

2-8-2- ژن VSP2 38

2-8-3- ژن LOX2 39

2-8-4- ژن PR1 40

2-9- ملاحظات 40

فصل سوم: مواد و روش ها 42

3-1- تهیه باکتری Pss 43

3-1-1- خالص سازی باکتری 43

3-1-2- آزمون تولید لوان 43

3-1-3- آزمون تولید رنگ فلورسنت 44

3-1-4- آزمون اکسیداز 44

3-1-5- آزمون واکنش فوق حساسیت (HR) 44

3-1-6- اثبات بیماری زایی روی گیاه گوجه فرنگی 44

3-1-7- آزمون واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) 45

3-2- کاشت گیاه آرابیدوپسیس 47

3-2-1- محیط کشت آرابیدوپسیس 47

3-2-2- شرایط گلخانه 48

3-2-3- مایه زنی با Pss 49

3-2-4- نمونه برداری 49

3-3- بررسی میزان جمعیت باکتری Pss 50

3-4- استخراج DNA 51

3-4-1- طرز تهیه بافر CTAB 52

3-4-2- تهیه کلروفرم- ایزوآمیل الکل 52

3-5- استخراج RNA از بافت 52

3-5-1-تهیه آب تیمار شده با DEPC 53

3-5-2- تعیین کمیت و كیفیتRNA 54

3-5-3- تیمار DNase 54

3-5-4- توقف تیمار DNase 54

3-5-5- سنتز رشته اول cDNA با استفاده از RNA استخراج شده 55

3-5-6- تکثیر قطعه مورد نظر با استفاده از واکنش زنجیره‏ای پلیمراز 56

3-5-7- اسامی و توالی آغازگرهای مورد استفاده برای بررسی بیان ژن ها 57

3-6- واكنش Real-time RT-PCR (Relative) 57

3-6-1- واكنش Real-time RT-PCRژن های مقاومت و ژن كنترل داخلی 58

3-6-2- روش نرمال سازی نسبی بیان ژن ها 59

3-6-3-آنالیز آماری بیان ژن ها 59

فصل چهارم: نتایج 60

4-1- آزمون های تشخیصی اولیه 61

4-1-1- استفاده از PCR جهت تشخیص Pss 62

4-2- بررسی جمعیت باکتری پس از مایه زنی 62

4-3- استخراج Total RNA از بافت گیاه 64

4-3-1- تعیین کیفیت Total RNA 64

4-3-2- تعیین غلظت Total RNA با استفاده از نانودراپ 64

4-3-3- تیمار DNase 65

4-3-4- بررسی صحت سنتز cDNA 66

برای دیدن جزییات بیشتر و دانلود پایان نامه اینجا کلیک کنید

 

4-5- بررسی بیان ژن ها 66

4-5-1- ژن PR1 67

4-5-2- ژن VSP2 68

4-5-3- ژن PDF1.2 70

4-5-4- ژن LOX2 71

4-5-5- الگوی بیان ژن ها در دو فاز مختلف رویشی و زایشی گیاهان آرابیدوپسیس 73

فصل پنجم: بحث 75

5-1- بحث 76

5-2- بررسی دفاع ذاتی وابسته به هورمون های سالیسیلیک اسید و جاسمونیک اسید 77

5-3- آنالیز مقایسه ای تغییرات بیان ژن ها 79

3-۵-1- بررسی پاسخ ژن PR1 علیه Pss 79

3-۵-2- بررسی پاسخ ژن PDF1.2 علیه Pss 81

5-3-3- بررسی پاسخ ژن LOX2 علیه Pss 82

3-۵-4- بررسی پاسخ ژنVSP2 علیه Pss 83

5-4- تعیین جمعیت باکتری 84

5-5- نتیجه گیری نهایی 85

5-5-1- دو فرضیه احتمالی برای بیان مسیر وابسته به JA بلافاصله بعد از مسیر وابسته به SA 86

پیشنهادات 90

منابع 91

 

 

 

 

 

فهرست شکل ها

عنوان                               صفحه

شکل 3-1- کاشت گیاهان آرابیدوپسیس در سیستم هیدروپونیک 49

شکل 4-1- انجام واکنش HR در گیاه توتون و شمعدانی وآزمایش بیماریزایی در گیاه گوجه فرنگی 61

یک مطلب دیگر :

شکل 4-2- الکتروفورز محصول PCRتشخیصی با استفاده از جفت آغازگرهای B2 و B1 62

شکل 4-3- بررسی جمعیت باکتری در زمان های نمونه برداری پس از مایه زنی در دو فاز مختلف رویشی و زایشی 63

شکل 4-4- الکتروفورز Total RNA استخراج شده از بافت ها 64

شکل 4-5- طیف جذب نوری Total RNA استخراج شده با استفاده از نانودراپ 65

شکل 4-6- الکتروفورز محصول PCR بعد از تیمار DNase 65

شکل 4-7- الکتروفورز محصول PCR پس از سنتز cDNA 66

شکل 4-8-تغییرات بیان ژن PR1 در دو فاز رویشی و زایشی و تیمار های زمانی 24، 48 و 72 ساعت پس از مایه زنی 68

شکل 4-9- تغییرات بیان ژن VSP2 در دو فاز رویشی و زایشی و تیمار های زمانی 24، 48 و 72 ساعت پس از مایه زنی 69

شکل 4-10-تغییرات بیان ژن PDF1.2 در دو فاز رویشی و زایشی و تیمار های زمانی 24، 48 و 72 ساعت پس از مایه زنی 71

شکل 4-11-تغییرات بیان ژن LOX2 در دو فاز رویشی و زایشی و تیمار های زمانی 24، 48 و 72 ساعت پس از مایه زنی 72

شکل 4-12- الگوی تغییرات بیان ژن ها در فاز رویشی گیاهان 74

شکل 4-13- الگوی تغییرات بیان ژن ها در فاز زایشی گیاهان 74

 

 

فهرست جداول

عنوان                                           صفحه

جدول 3-1- نوع و مقدار مواد لازم برای انجام واکنش 25 میکرولیتری PCR جهت تشخیص Pss 45

جدول 3-2- سیکل دمایی PCR با آغازگرهای B1-B2 برای تشخیص Pss 46

جدول3-3- نوع و مقدار عناصر غذایی محیط کشت هوگلند 48

جدول 3-4- مقادیر و نوع مواد مورد نیاز برای تهیه 100 میلی لیتر بافر CTAB 52

جدول 3-5- نوع و مقدار مواد مورد نیاز برای تیمار DNase 54

جدول 3-6- نوع و مقدار مواد مورد استفاده در سنتز رشته اول cDNA در مرحله اول 55

جدول 3-7- نوع و مقدار مواد مورد استفاده در سنتز رشته اول cDNA در مرحله دوم 55

جدول 3-8- نوع و مقدار مواد لازم برای انجام یک واکنش 20 میکرولیتری PCR 56

جدول 3- 9- سیکل دمایی PCR با آغازگر ef1-α 56

جدول 3-10- اسامی و توالی آغازگرهای مورد استفاده برای بررسی بیان ژن ها 57

جدول 3-11- سیكل دمایی مورد استفاده در واكنش Real-time RT-PCR 58

جدول3-12- نوع و مقدار مواد مورد استفاده در واكنش 20 میکرولیتری Real-time RT-PCR برای ژن های اصلی و كنترلی داخلی 58

جدول 4-1- مقایسه میانگین جمعیت باکتری Pss در دو فاز مختلف زایشی و رویشی 63

جدول 4-2- مقایسه میانگین بیان ژن PR1 67

جدول 4-3- مقایسه میانگین بیان ژن VSP2 68

جدول 4-4- مقایسه میانگین بیان ژن PDF1.2 70

جدول 4-5- مقایسه میانگین بیان ژن LOX2 71

 

 

 

 

 

 

 

 

 

فصل اول