1-5-3-4-ساختار آنتی ژن تاژکی یا آنتی ژن تاژکی یا آنتی ژن H………………………………………………………………………………………………………….9

1-5-3-5-ساختار آنتی ژن فیمبریه ای یا آنتی ژن F……………………………………………………………………………………………………………………………………9

1-6-خصوصیات مورفولوژی…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..10

1-6-1-خصوصیات کشت و بیوشیمیایی………………………………………………………………………………………………………………………………………………………11

1-6-2-مقاومت……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………12

1-6-3-ژنتیک……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….13

1-7-بیماری زایی اشرشیا کلی………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….13

1-7-1-فاکتورهای حدت………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….14

1-7-1-1-کپسول………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..14

1-7-1-2-آندوتوکسین………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………14

1-7-1-3-پروتئین های اتصالی فیمبریه ای………………………………………………………………………………………………………………………………………………….14

1-7-1-4-اگزوتوکسین ها………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..15

1-7-2-1-انتروتوکسین ها………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..16

1-7-2-2-سیتوتوکسین ها………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..16

1-7-2-3-وروتوکسین ها…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………17

1-7-2-4-آلفاهمولیزین ها……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….17

1-7-2-5-سیدروفورها……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..17

عنوان                                                                                                                                         صفحه

1-7-3-تغییر فاز آنتی ژنی……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………18 

1-7-3-1-سیستم ترشحی نوع III …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..18

1-7-3-2-بیماری در انسان…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………18

1-7-4-1-پاتوتیپ اشرشیا کلی های پاتوژن روده ای…………………………………………………………………………………………………………………………………19

1-7-4-2-پاتوتیپ اشرشیا کلی توکسین زای روده ای(ETEC)………………………………………………………………………………………………………………19

1-7-4-3-پاتوتیپ اشرشیا کلی بیماری زای روده ای (EPEC)………………………………………………………………………………………………………………20

1-7-4-4-پاتوتیپ اشرشیاکلی انترواگرگتیو(EAggEC)……………………………………………………………………………………………………………………………21

1-7-4-5-پاتوتیپ اشرشیا کلی انتروهموراژیک (EHEC)……………………………………………………………………………………………………………………….21

1-7-4-6-پاتوتیپاشرشیا کلی انترواینواسیو(EIEC)……………………………………………………………………………………………………………………………………..22

1-8-عفونت های اشرشیا کلی های خارج روده ای…………………………………………………………………………………………………………………………………….22

1-8-1-1-باکتریولوژی و مننژیت اشرشیا کلی (MAEC)………………………………………………………………………………………………………………………….23

1-8-1-2-سپسیس………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..23

1-8-1-3-التهاب مثانه………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….23

1-8-1-4-سپتی سمی…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..24

1-8-2-عفونت مجاریادراری(UTI)………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….24

1-8-2-1-مقاومت های آنتی بیوتیکی……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..25

1-8-2-2-مقاومت در اشرشیا کلی……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………26

1-8-2-3-فیلوژنتیک اشرشیا کلی……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..26

1-9-عوامل بیماری زایی(ویرولانس در اشرشیا)……………………………………………………………………………………………………………………………………………27

1-9-1-ژن aer (آئروباکتین)………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..28

1-9-1-2-اتصال دهنده ها (Adhesions)……………………………………………………………………………………………………………………………………………………….29

1-9-1-3-مکانیسم بیماری زاییUPEC در ارتباط با افمبریال ادهسین………………………………………………………………………………………………….30

1-9-1-5-مکانیسم بیماری زایی UPEC در ارتباط با همولیزین (HlyA)……………………………………………………………………………………………..33

1-10-تعاریف واژه ها…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..34

فصل دوم: مروری بر تحقیقات انجام شده

2-1- بررسی  تحقیقات انجام شده……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………35

فصل سوم: مواد و روش ها

3-1-نوع مطالعه……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..38

3-2-جامعه مورد مطالعه………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………38

3-3-روش انجام طرح………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….38

3-3-1-مواد وتجهیزات……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….38

 

3-3-1-1-دستگاه ها و وسایل مورد نیاز…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..38 

3-3-1-2-مواد مصرفی مورد نیاز………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..41

3-3-1-3-محیط های کشت مورد استفاده………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..41

3-4-ترکیبات و محلول های مورد استفاده در تحقیق و فرمول ساخت آنها……………………………………………………………………………………………..41

 

3-5-روش اجرا…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………43

3-5-1-جمع آوری اطلاعات………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..43

3-5-2-انجام امور باکتریولوژیک……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….43

3-5-3-نمونه برداری، کشت، جداسازی و تعیین هویت باکتری ها……………………………………………………………………………………………………………43

3-5-3-1-نمونه برداری………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….43

3-5-3-2-طرز تهییه محیط های کشت………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………43

3-5-3-3-نگه داری نمونه های عفونت ادراری………………………………………………………………………………………………………………………………………………45

3-5-3-4-نگه داری سویه باکتری………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..45

3-5-4-استخراج، تعیین کمیت و کیفیت DNA……………………………………………………………………………………………………………………………………………….46

3-5-4-1-استخراج DNA……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..46

3-5-4-2-کمیت سنجی و غلظت سنجی DNA استخراج شده…………………………………………………………………………………………………………………..46

3-5-5-انجام آزمایشات مولکولی…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………47

3-5-5-1-پرایمرها……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………47

3-5-5-2-رقیق سازی پرایمرها…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….49

3-5-6-انجام PCR…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..49

3-5-6-1-بهینه سازی اجزاء واکنش PCR………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..50

3-5-6-2-بهینه سازی تهیه Master Mix ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….50

3-5-7-گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژن aer ………………………………………………………………………………………………50

3-5-7-1-گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژن  HlyA…………………………………………………………………………………..51

3-5-7-2- گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژن Pap ……………………………………………………………………………………..51

3-5-7-3- گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژن  Cnf ………………………………………………………………………………… 52

3-5-7-4- گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژن Afa ………………………………………………………………………………….. 53

3-5-7-5-گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژنFim  ………………………………………………………………………………… 53

3-6-مراحل انجام PCR …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………54

3-6-1-بهینه سازی PCR ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………54

 

یک مطلب دیگر :

3-6-2-بررسی محصول PCR……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….55

3-7-مواد مورد نیاز برای انجام الکتروفورز………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..56

3-7-1-ژل آگارز………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………56

 

3-7-1-1-طرز تهییه ژل آگارز…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….56 

3-7-1-3-بافر سنگین کننده…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………56

3-7-1-4-رنگ آمیزی ژل…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….57

3-8-توالی یابی…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………57

3-9-1-روش گردآوری اطلاعات……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….57

3-9-2-روش تجزیه و تحلیل اطلاعات…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….58

فصل چهارم: نتایج و بحث

4-1-فراوانی بیماران بر اساس جنس…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..59

4-2-نتایج مربوط به فراوانی فاکتورهای حدت در اشرشیا کلی…………………………………………………………………………………………………………………..60

4-3-نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژن آئروباکتین در سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن………………………………………………..61

4-3-1-بهینه سازی دمای اتصال………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….61

4-3-1-1-انجام آزمون روی سایر ایزوله ها…………………………………………………………………………………………………………………………………………………….62

4-3-2-نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژن سایتوتوکسیک نکروز دهنده در سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن………..64

4-3-2-1- بهینه سازی دمای اتصال…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..64

4-3-2-2- انجام آزمون روی سایر ایزوله ها…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..64

4-3-3- نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژن همولیزین در سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن…………………………………………..65

4-3-3-1- بهینه سازی دمای اتصال…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..65

4-4-4- نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژنP – فیمبریه در سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن…………………………………………66

4-4-4-1- بهینه سازی دمای اتصال …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..66

4-4-4-2- انجام آزمون روی سایر ایزوله ها …………………………………………………………………………………………………………………………………………………..67

4-5-5- نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژن Afaدر سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن……………………………………………………..68

4-5-5-1- بهینه سازی دمای اتصال…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..68

4-5-5-2- انجام آزمون روی سایر ایزوله ها …………………………………………………………………………………………………………………………………………………..69

4-6-6- نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژنFim  در سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن……………………………………………………70

4-6-6-1- بهینه سازی دمای اتصال………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….70

4-7-ژن های ویرولانس…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………72

4-8-نتایج ویرولوتایپینگ سویه ها………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………77

4-9-نتایج تایید محصولات PCR ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………79

فصل پنجم: نتیجه گیری

5-1-بحث………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….91

5-2-مقایسه نتایج بدست آمده با یافته های دیگر محققین…………………………………………………………………………………………………………………………..91

5-3-نتیجه گیری……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….95 

5-4- پیشنهادات………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..95

فهرست منابع

منابع فارسی………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….96