پایان نامه

 

صفحه عنوان
  فصل اول: مقدمه و مروری بر مطالب گذشته
2 1-1 زیست فناوری
3 2-1 بیوانفورماتیک و نقش آن در زیست­فناوری
3 1-2-1 پایگاه­داده
4 1-1-2-1 جایگاه Expasy
4 2-1-2-1 پایگاه­داده Swiss-Prot
7 3-1-2-1- پایگاه­دادهProsite  یا پایگاه­داده موتیف­ها
9 3-1 کاربرد بیوانفورماتیک در پیش­گویی ساختار پروتئین
9 1-3-1 پیش­گویی ساختار دوم پروتئین­ها
10 2-3-1 پیش­گویی ساختار سوم پروتئین­ها
11 4-1 نمایش ساختار پروتئین
11 5-1 مقایسه ساختار سوم پروتئین­ها
12 6-1 فلزات سنگین و اثرات زیست­محیطی آنها
14 7-1 منابع تولید کننده آلودگی­های فلزات سنگین
16 8-1 کادمیوم
16 9-1 حذف فلزات سنگین از محیط­زیست
17 1-9-1 روش­های فیزیکوشیمیائی
17 1-1-9-1 روش اسمز معکوس
17 2-1-9-1 روش دیالیز الکتریکی
17 3-1-9-1 روش اولترا فیلتراسیون
18 4-1-9-1 تبادل یونی
18 5-1-9-1 رسوب­دهی شیمیایی
18 2-9-1 روشهای پاکسازی زیستی
18 1-2-9-1 پاکسازی گیاهی
18 2-2-9-1 جذب زیستی
19 1-2-2-9-1 سازکار­های جذب زیستی
19 1-1-2-2-9-1 فرایند رسوب و تجمع خارج سلولی
20 1-1-1-2-2-9-1 جذب الکتریکی
20    2-1-1-2-2-9-1 جذب فیزیکی یا جذب با دخالت نیروهای واندروالس
20 3-1-1-2-2-9-1 جذب شیمیایی
20 2-1-2-2-9-1 رسوب وتجمع داخل سلولی
20 1-2-1-2-2-9-1 متیله­کردن فلز
21 2-2-1-2-2-9-1 سولفوره کردن
21 3-2-1-2-2-9-1 رسوب فلزات مسموم کننده به صورت غیرمستقیم
21 10-1 سازکار­های ورود فلزات سنگین به ریزسازواره­ها
23 11-1 پروتئین­ها و پپتیدهای عمومی متصل شونده به فلزات سنگین
26 12-1 نمایش سطحی باکتریایی
27 1-12-1 نمایش­سطحی در باکتری­های گرم­منفی
29 2-12-1 نمایش پروتئین­های هترولوگ در باکتری­های گرم مثبت
30 13-1 افزایش جذب­زیستی فلزات سنگین در باکتری­های گرم منفی با روش­های مهندسی ژنتیک با تاکید بر نمایش­سطحی
33 14-1 سازکار تشکیل پیلی باکتریایی
36 1-14-1 پیلی­های باکتریایی و پیلی CS3
39 1-1-14-1 سازمان دهی ژنتیکی اپرون cst
40 2-1-14-1 تنظیم بیان CS3
40 15-1 اهداف تحقیق
  فصل دوم: مواد و روش­ها
42 1-2 بررسی­های بیوانفورماتیکی
42 1-1-2 پایگاه­های­داده و برنامه­های بیوانفورماتیکی
43 2-1-2 ساختار پروتئین و روش­های پیش­گویی عملکرد
43

1-1-2-1-2 جستجوی (شباهت) در پایگاه­داده توالی 

 
43 1-1-2-1-2 جستجوی (شباهت) در پایگاه­داده توالی
43 3-1-2  روش­های آنالیز ساختار اول
44 4-1-2 روش­ها و برنامه­ی پیش­گویی ساختار و عملکرد پروتئین
46 5-1-2 ابزارهای مشاهده و آنالیز ملکولی
47 2-2 روش­های بیوانفورماتیکی
47 1-2-2 پیش­گویی ساختار دوم
47 2-2-2 پیش­گویی ساختار سوم پروتئین­ها و مدل­سازی
49 1-2-2-2 جستجوی توالی­های مشابه با PSI-Blast و Blast در مقابل پایگاه­داده  PDB
49 2-2-2-2 مدل­سازی مقایسه­ای
49 1-2-2-2-2 سرور SWISS-MODEL
50 2-2-2-2-2 مدل­سازی با برنامه Modeller
51 3-2-2-2 مدل­سازی براساس روش شناسایی تاخوردگی
52 4-2-2-2 شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم‌افزار GROMACS
52 5-2-2-2 تغییرات RMSD
52 1-5-2-2-2اندازه گیری RMSD با نرم افزار Swiss-pdb viewer
53 2-4-2-2-2اندازه­گیری RMSD با برنامه تحت شبکه CE
53 3-2-2 پیش­گویی سطوح در دسترس و سطوح مشترک بین دو پروتئین
54 3-2 مواد
54 1-3-2 ترکیبات استفاده­شده
54 2-3-2 آنتی بیوتیک ها
54 3-3-2 آنتی­بادی­های اولیه
54 4-3-2 آنتی­بادی­های ثانویه
54 5-3-2 باکتری­ها
55 6-3-2 پلاسمیدها
57 7-3-2 اولیگونوکلئوتیدها
58 8-3-2 کیت­های آزمایشگاهی
59 9-3-2 آنزیمها
59 10-3-2 نشانگر­ها
59 11-3-2 محلول­ها و بافرها
60 12-3-2 محیط­های کشت
60 1-12-3-2 محیط­های­کشت CFA آگار
60 13-3-2 محلول‌های مورد نیاز برای تهیه سلول‌های باكتریایی مستعد
60 14-3-2 محلول­های مورد نیاز به منظور نگهداری باکتری­ها
60 4-2 وسایل و دستگاه­ها
61 5-2 روش­ها
61 1-5-2 کشت باکتری
61 2-5-2 استخراج پلاسمید
61 1-2-5-2 استخراج پلاسمید با روش شکستن قلیایی
62 3-5-2 استخراج DNA پلاسمیدی با استفاده از کیت
62 4-5-2 بازیافت قطعات DNA از روی ژل­آگارز با استفاده از کیت
62 6-5-2 تهیه باکتریهای مستعد برای پذیرش DNA پلاسمید خارجی
62 1-6-5-2 مستعد سازی باکتری­ها
63 7-5-2 انتقال پلاسمید به درون باکتری
64 8-5-2 واکنش زنجیره­ای پلی­مراز(Polymerase chain reaction, PCR)
64 1-8-5-2 SOEing-PCR (Splicing by overlap extension PCR)
67 1-1.                    9-5-2 کلونینگ ژن جهش یافته  cstHدر وکتورpBR322
68 10-5-2 تائید صحت کلون­های واجد پلاسمید نوترکیب (Screening)
69 11-5-2 بررسی پروتیئن­ها
69 1-11-5-2 استخراج پروتیئن پیلی از باکتری
70 2-11-5-2 سنجش پروتیئن به روش برادفورد(Baradford)
70 1-2-11-5-2 رسم منحنی استاندارد پروتئین
71 3-11-5-2 وسترن­بلاتینگ (Western Blotting)
71 4-11-5-2 لکه­گذاری برای سلولهای باکتری
72 12-5-2 رنگ آمیزی ایمینوفلوروسنس
73 13-5-2 بررسی میزان جذب یون فلز
73 14-5-2 ویژگی­های پلاسمیدهای استفاده­شده در این مطالعه
74 15-5-2 بررسی های آماری
 

فصل سوم: نتایج
76 1-3 نتایج بررسی های بیوانفورماتیکی
76 1-1-3 شناسایی و طراحی موتیف(پپتید) متصل شونده به فلزات
80 2-1-3 آنالیز ساختاری پروتئین CstH جهت پیش­گویی جایگاه مجاز در آن
80 1-2-1-3 شناسایی الگو و همردیفی توالی الگو–هدف
87 2-2-1-3 تولید و ساخت مدل و ارزیابی کیفیت آنها
90 3-2-1-3 سطوح قابل دسترس و اسیدهای­آمینه سطحی
93 4-2-1-3 سطوح مشترک و اسیدهای­آمینه درگیر در ارتباطات زیرواحدها در پلیمر پیلی و زیرواحد–چاپرون
94 5-2-1-3 پیش­گویی و تعیین ساختار دوم
96 3-1-3 پیش­گویی نهایی مناطق مجاز در زیرواحد CstH
96 4-1-3 مدل­سازی پروتئین­های هیبرید
98 2-3  نتایج آزمایشگاهی
98 1-2-3  ساخت کاست های ژنی از ترکیب ژن cstH و توالی متصل شونده به کادمیوم
101 2-2-3 کلونینگ DNA زیر­واحد اصلی(CstH) جهش­یافته در وکتور کلونینگ
103 1-2-2-3 غربالگری کلون­های دارای پلاسمید­های نوترکیب
103 1-1-2-2-3 غربالگری با مقاومت آنتی­بیوتیکی و مقایسه وزنی با پلاسمیدهای کنترل
103 2-1-2-2-3 غربالگری با PCR
105 3-1-2-2-3 برش آنزیمی
105 4-1-2-2-3 تعیین توالی ژن­هایCstH::Cbm  وCstH::Cbβm  در کلون­های نوترکیب
106 3-2-3 کلونینگ ژن­هایcstH::cbm  و cstH::cbβm در اپرون cst
108 1-3-2-3 غربال کردن کلون های حاوی اپرون هیبرید cst::cbm و  cst::cbbm
109 1-1-3-2-3  تائید صحت کلونینگ با برش آنزیمی
110 2-1-3-2-3  تائید کلونیگ با PCR
112 4-2-3 بررسی بیان پیلی­های هیبرید CS3::cbβm و CS3::cbm توسط روش­های دات­بلاتینگ باکتری و وسترن پروتئین
113 1-4-2-3 دات بلاتینگ باکتری
114 2-4-2-3 وسترن بلاتینگ
115 5-2-3 بررسی نمایش سطحی پیلی­های هیبرید CS3::cbβm و CS3::cbm  توسط رنگ­آمیزی ایمونوفلورسانس
117 6-2-3 بررسی خاصیت اتصال به فلز باکتری­های بیان کننده پیلی CS3 نوترکیب
119 1-6-2-3 جذب کادمیم
120 2-6-2-3 اختصاصیت اتصال
  فصل چهارم: بحث و نتیجه­گیری
123 1-4 مزیت بیان سطحی بر سایر سیستم­های بیان پروتئین
124 2-4 کاربرد پیلی CS3 جهت نمایش سطحی و نقش مطالعات بیوانفورماتیکی در شناسایی مناطق مجاز ورود پپتیدهای بیگانه در آن
129 3-4 مقایسه موتیف­های طراحی­شده جهت جذب یون کادمیوم توسط باکتری­های نوترکیب ساخته­شده در این پروژه با مطالعات پیشین
135 4-4 پیشنهادات
136 منابع
144 پیوست­ها

 

فهرست جدول­ها

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

یک مطلب دیگر :

دانلود پایان نامه کارشناسی ارشد رشته روانشناسی و تربیتی با موضوع نقش واسطه‌ای عزت نفس سازمانی در ارتباط بین عدالت سازمانی با سازگاری شغلی

 

عنوان صفحه
جدول 1-1. موتیف­های حفظ شده و اختصاصی متصل شونده به یونهای فلزی 8
جدول 1-2. مهمترین صنایع تولید كننده فاضلاب حاوی فلز سنگین 15
جدول 1-3. خانواده­های مهم پروتئین­های دخیل در نقل وانتقالات فلزات سنگین در باکتری­ها 22
جدول1 -4. ارگانل­های سطحی باکتریایی که از طریق مسیر چاپرون-آشر اسمبل می­شوند 35
جدول 1-5. خلاصه ای از اپی توپ­ها و موتیف­های ارائه شده توسط پیلی­ها 38
جدول 2-1. پایگاه­های­داده و برنامه­های بیوانفورماتیکی 42
جدول 2-2.ابزارهای مقایسه توالی 43
جدول 2-3. ابزارهای آنالیز توالی اول پروتئین 43
جدول 2-4. روش­های جستجوی پروفایل و پترن 44
جدول 2-5. ابزارهای پیش­گویی ساختار دوم 44
جدول 2-6. ابزارها و روش های پیش­گویی ساختار سوم 45
جدول 2-7. ابزارهای آنالیز و مشاهده ملکولی 46
جدول 2-8. مشخصات پلاسمیدهای استفاده شده و یا ساخته شده در این تحقیق 56
جدول 2-9. مشخصات اولیگونوکلئوتید­های استفاده شده در این تحقیق 57
جدول 2-10. ترکیبات استفاده شده در یک واکنش SOEing-PCR 65
جدول 2-11. واكنش برش آنزیمی پلاسمید pPR322 67
جدول 2-12. تركیبات مورد استفاده برای واكنش الحاق 68
جدول 3-1 توالی اسید آمینه ای زیرواحد اصلی و چاپرون دو سیستم CS3 و کپسول آنتی­ژنی F1 81
جدول 3-2. ویژگیهای ساختاری الگو-هدف که توسط روش­های محاسباتی به همراه امتیازات نمره­دهی بدست آمده­است 87
جدول 3-3. مناطق و اسیدهای­آمینه درگیر در ارتباطات ملکولی و غیرقابل دسترس ملکول CstH 94
جدول 3- 4. اثر رقابتی یونهای Ni2+, Cu2+  و Cr3+ بر جذب Cd2+ در حضور کادمیوم 121
4 -1. مقایسه میزان جذب یون کادمیم در سیستم­های نمایش­سطحی مختلف و نتایج حاصل از این تحقیق 133

 

فهرست شکل­ها

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

موضوعات: بدون موضوع  لینک ثابت


فرم در حال بارگذاری ...