1-9-2- همه گیر شناسی (مطالعات اپیدمیولوژیک).. 19

1-9-3- اتیولوژی.. 19

1-10- ساختار سیستم دفاعی بدن.. 20

1-10-1- سلولهای دفاعی.. 20

1-10-2- ماکروفاژها.. 22

1-11- عامل حساسیت به بیماریهای پیچیده.. 25

1-12- انواع تنوع بین ژنومهای انسانی.. 27

1-12-1- چند شکلیهای تک نوکلئوتیدی از نظر تعداد فراوانترین نوع تنوع ژنتیکیاند.. 27

1-12-2- چند شکلیهای تک نوکلئوتیدی.. 28

1-12-3- انواع چند شکلی تک نوکلئوتیدی.. 29

1-12-4- اهمیت و کاریرد چند شکلی تک نوکلئوتیدی.. 29

1-13- ویتامین D.. 30

1-13-1- متابولیسم ویتامین D.. 30

1-13-2- نقش ویتامین D.. 34

1-14- پروتئین GC.. 34

فصل 2: مروری بر تحقیقات انجام شده   38

فصل 3: مواد و روش ها   46

3-1- جامعه مورد مطالعه.. 46

3-2- نمونه گیری.. 46

3-2-1- ضد عفونی کردن محل نمونه گیری.. 47

3-2-2- روش نمونه گیری.. 47

 

3-2-3- کورسازی نمونه ها.. 48

3-3- جمع آوری اطلاعات بیماران و افراد کنترل.. 48

3-4- ملاحظات اخلاقی.. 49

3-5- آمادهسازی بافیکوت برای استخراج DNA.. 49

3-6- جداسازی بافی کوت.. 50

3-7- استخراج DNA.. 51

3-7-1- استخراج DNA به روش فنل کلروفرم.. 51

3-7-2- استخراج DNA بوسیله کیت DNP^TM. 53

3-7-3- آماده سازی نمونه.. 54

3-7-4- پروتکل آزمایش.. 54

3-8- تعیین خلوص DNA.. 56

3-8-1- استفاده از اسپکتروفتومتر و قرائت OD.. 56

3-8-2- الکتروفورز روی آگارز 1%.. 56

3-9- حفظ و نگهداری DNA.. 57

3-10- واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR).. 57

3-10-1- نگاهی کلی بر واکنش زنجیره ای پلیمراز.. 57

3-11- طراحی پرایمر برای PCR.. 59

3-11-1- نکاتی که در طراحی پرایمر مد نظر داشتیم.. 59

3-11-2- غلظت‌ پرایمرها و روش‌ اندازه‌گیری‌ آن.. 61

3-11-3- بسط‌ پرایمر.. 61

یک مطلب دیگر :

3-11-4- طراحی پرایمر با نرم افزار.. 61

3-12- تعیین دمای صحیح برای استفاده در PCR.. 62

3-13- دزوکسی نوکلئوتید تری فسفات (dNTP).. 63

3-14- DNA پلیمراز مقاوم به حرارت.. 64

3-15- MgCl₂ 64

3-16- بافر PCR.. 64

3-17- مراحل انجام PCR.. 65

3-17-1- وسایل و مواد مورد نیاز.. 65

3-17-2- روش انجام PCR.. 65

3-18- الکتروفورز.. 67

3-18-1- بافر TBE.. 67

3-18-2- بافر بارگذاری یا بافر نشانگر.. 68

3-18-3- منبع تغذیه الکتروفورز.. 68

3-18-4- مواد و وسایل لازم برای الکتروفورز محصولات PCR   69

3-18-5- طرز تهیه اتیدیوم بروماید mg/ml10.. 69

3-18-6- طرز تهیه محلول سایبرگرین.. 70

3-18-7- آماده ساختن سایز مارکر (Fermentas).. 70

3-18-8- تهیه ژل آگارز 1% و الکتروفورز محصولات PCR   71

3-18-9- شرایط تعیین توالی در انستیتوپاستور.. 72

3-19- توالی یابی ژن ها و ژنوم ها.. 72

3-19-1- شناخت روش های توالی یابی.. 73

3-20- نحوه مقایسه توالی محصول PCR در بانک ژنی.. 75

فصل 4: نتایج و بحث   78

4-1- نتایج حاصل از جمع آوری نمونه ها.. 78

4-2- نتایج حاصل از کنترل پروسه استخراج.. 79

4-3- نتایج حاصل از کنترل فرآیند PCR.. 80

4-4- نتایج حاصل از توالی یابی.. 81

4-5- ارزیابی کلی.. 86

فصل 5: نتیجه گیری   87

1-5- بحث پیرامون ژنوتایپ بیماران در برابر افراد سالم   87

5-2- نتیجه گیری.. 94

5-3- پیشنهادات.. 94

فصل 6: منابع   95

چکیده

سابقه و هدف: پروتئین GC (جزء گروه خاصی از پروتئین‌های انسانی، یک پروتئین متصل شونده به ویتامین D یا GC گلوبولین) که در عملکرد فیزیولوژیکی مهم بدن شامل تکامل، انتقال، ذخیره ویتامین D، مهار و به دام انداختن G- اکتین خارج سلولی، افزایش فعالیت کموتاکسی C5^α  در التهاب نوتروفیلی و فعالیت ماکروفاژی نقش دارد. در بسیاری از مطالعات امروزه برای تعیین نقش پروتئین Gc، توجهات به سمت تعیین انواع پلی مورفیسم‌های این پروتئین بوده تا بتوان با مقایسه غلظت انواع مختلف از این پروتئین در بدخیمی‌های مختلف، ارتباط معناداری بین این دو پیدا گردد. این مطالعه با هدف بررسی پلی مورفیسم‌های ژن بیان کننده ویتامین D با بروز سرطان (ALL) در کودکان در استان زنجان انجام گردید.

مواد و روش­ها: با کمک کادر مجرب بیمارستان آیت­ا… موسوی بعنوان تنها مرکز تخصصی انکولوژی استان زنجان، نمونه­گیری انجام شد. نمونه ها جهت جداسازی بافی­کوت و تخلیص DNA با استفاده از روش کیت تجاری، به آزمایشگاه منتقل شد. پس از تخلیص، PCR انجام شد و نمونه ها جهت توالی یابی ارسال گردید. پس از مقایسه توالی کودکان بیمار و کودکان سالم با یکدیگر و با الگوهای موجود در پایگاه داده ها، اقدام به شناسایی پلی مورفیسم ها گردید.

نتایج: ژنوتایپ­های Gc1S/1S در افراد بیمار 20% و درافراد کنترل23.1%، Gc1F/1S در افراد بیمار 40% و در افراد کنترل 61.5%، Gc1F/1F در افرادبیمار صفر درصد و در افراد کنترل 7.7%، Gc2/2 در افراد بیمار 6.7% و در افراد کنترل 7.7%، Gc1S/2در افراد بیمار33.3% و در افراد کنترل صفر درصد و Gc1F/2 هم در افراد کنترل و هم در افراد بیمار صفر درصد مشاهده گردید.

بحث و نتیجه­گیری: بسیار واضح و کاملا شناخته شده است که نقش پروتئین GC به عنوان یک پروتئین پیشساز فعال کننده ماکروفاژ (MAF) در رخداد و جلوگیری از بسیاری از بیماری ها بخصوص بسیاری از عفونت ها و بدخیمی ها حائز اهمیت می باشد.

با توجه به این‌که ارتباط معناداری بین انواع ژنوتایپ ها و فنوتایپ های این پروتئین با رخداد بیماری وجود ندارد، لیکن می توان گفت مطالعات وسیعتر و البته دقیقتری در این زمینه مورد نیاز است.

کلمات کلیدی: پلی­مورفیسم، ALL، Gc، ماکروفاژ