2-1-2-خصوصیات بیوشیمیایی………………………………………………………………………………………………… 6

3-1-2-انتشار و راه های انتقال اشریشیا کولی در طیور………………………………………………………….. 6

2-2-آنتی‌بیوتک‌ها……………………………………………………………………………………………………………………….. 8

1-2-2- تعریف……………………………………………………………………………………………………………………………. 8

2-2-2-سابقه تاریخی………………………………………………………………………………………………………………….. 8

3-2-2-طبقه بندی آنتی‌بیوتیک ها…………………………………………………………………………………………… 9

4-2-2- استفاده از آنتی بیوتیک در حیوانات مولد غذا ………………………………………………………… 10

1-4-2-2-مصرف آنتی‌بیوتیک‌ها در طیور………………………………………………………………………………. 12

5-2-2- منشاء مقاومت به آنتی بیوتیک………………………………………………………………………………….. 15

6-2-2- مکانیسم های مقاومت به آنتی بیوتیک…………………………………………………………………….. 15

1-6-2-2- تغییر یا جایگزینی اهداف دارو……………………………………………………………………………… 16

2-6-2-2-غیرفعالسازی آنزیمی دارو……………………………………………………………………………………….. 16

عنوان                                                                                                                     صفحه

3-6-2-2- پمپ‌های خارج كننده دارو از سلول……………………………………………………………………… 17

4-6-2-2- کاهش جذب دارو………………………………………………………………………………………………….. 17

5-6-2-2- حفاظت از هدف…………………………………………………………………………………………………….. 18

6-6-2-2- بدام انداختن دارو………………………………………………………………………………………………….. 18

7-2-2- انتشار مقاومت به آنتی بیوتیک………………………………………………………………………………….. 19

1-7-2-2- وراثت عمودی………………………………………………………………………………………………………… 19

2-7-2-2- انتقال افقی……………………………………………………………………………………………………………… 20

8-2-2- مکانیسم‌های دخیل در انتقال افقی…………………………………………………………………………… 20

9-2-2- عناصر دخیل در انتقال افقی ژن های مقاومت…………………………………………………………. 21

1-9-2-2- پلاسمید‌ها………………………………………………………………………………………………………………. 21

2-9-2-2- ترانسپوزونها…………………………………………………………………………………………………………….. 22

3-9-2-2- اینتگرون‌ها……………………………………………………………………………………………………………… 23

10-2- ساختار و ویژگی‌های اینتگرون‌ها…………………………………………………………………………………. 23

1-10-2- کلاس 1 اینتگرون‌ها ………………………………………………………………………………………………. 24

2-10-2- کلاس 2  اینتگرون‌ها………………………………………………………………………………………………. 26

3-10-2- کلاس 3 اینتگرون‌ها……………………………………………………………………………………………….. 27

4-10-2- سوپر اینتگرون‌های کروموزومی یا کلاس4…………………………………………………………… 27

11-2-کاست ژنی………………………………………………………………………………………………………………………. 28

1-11-2- تعریف……………………………………………………………………………………………………………………….. 28

2-11-2- انتقال کاست‌های ژنی………………………………………………………………………………………………. 29

12-2- اپیدمیولوژی اینتگرون‌ها و مروری بر شناسایی اینتگرون‌ها در ماکیان…………………….. 32

………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….

عنوان                                                                                                                     صفحه

فصل سوم: مواد و روش کار

1-3- مواد و وسایل مورد نیاز……………………………………………………………………………………………………. 34

2-3- روش کار…………………………………………………………………………………………………………………………… 35

1-2-3- نمونه گیری…………………………………………………………………………………………………………………. 35

2-2-3- آزمون های تاییدی……………………………………………………………………………………………………… 36

3-2-3- آنتی‌بیوتیک‌های مورد استفاده برای آنتی‌بیوگرام …………………………………………………… 39

4-2-3- آزمون حساسیت آنتی بیوتیکی…………………………………………………………………………………. 40

5-2-3- روش ساخت نیم مک فارلند……………………………………………………………………………………… 41

6-2-3- نکات مورد توجه در انجام آزمایش آنتی بیوگرام……………………………………………………… 42

7-2-3- نکات مورد توجه در اندازه گیری قطر هاله و خواندن نتایج آزمایش آنتی بیوگرام. 43

8-2-3- بررسی حضور مقاومت های چند گانه……………………………………………………………………….. 43

9-2-3- استخراج DNA جهت انجام آزمایشهای مولکولی …………………………………………………… 44

10-2-3- انجام واکنش های زنجیره ای پلیمراز…………………………………………………………………….. 50

11-2-3- انجام واکنش PCR برای شناسایی ژن های اینتگراز 1 و 2……………………………….. 52

12-2-3- الکتروفورز روی ژل آگارز…………………………………………………………………………………………. 53

13-2-3- شناسایی کاست ژنی اینتگرون……………………………………………………………………………….. 54

14-2-3- انجام واکنش PCR برای شناسایی کاست‌های ژنی اینتگرون کلاس 1……………… 55

15-2-3- تعیین ترادف محصولات………………………………………………………………………………………….. 56

16-2-3- آزمون آماری…………………………………………………………………………………………………………….. 56

 

 

فصل چهارم: نتایج

1-4 نتایج جستجوی اینتگرونهای کلاس 1 و 2…………………………………………………………………….. 57

2-4 نتایج بررسی کاست ژنی کلاس 1 اینتگرون‌ها……………………………………………………………….. 63

3-4 نتایج تعیین توالی کاست‌ ژنی کلاس 1 اینتگرون‌ها………………………………………………………. 65

 

 

عنوان                                                                                                                     صفحه

 

 

فصل پنجم: بحث و نتیجه گیری…………………………………………………………………………………………… 67

فهرست منابع……………………………………………………………………………………………………………………………. 75

پیوست ………………………………………………………………………………………………………………………………………. 89

فهرست جداول

عنوان                                                                                                                     صفحه

 

 

جدول1-1: طبقه بندی آنتی‌بیوتیک‌ها بر اساس مکانیسم اثر ………………………………………………. 10

جدول 1-3: دستگاه­ها وسائل آزمایشگاهی مورد استفاده……………………………………………………….. 34

جدول 2-3: مواد شیمیایی مورد استفاده…………………………………………………………………………………. 35

جدول 3-3: آنتی‌بیوتیک‌های استفاده شده برای آنتی‌بیوگرام……………………………………………….. 39

جدول4-3: دیسک‌های آنتی‌بیوتیک استفاده شده، مقادیر ماده موثره آن‌ها

و تفسیر نتایج آزمایش حساسیت آنتی‌بیوتیکی ………………………………………………………………………. 41

جدول 5-3: خصوصیات روش آزمایش آنتی بیوگرام (دیسک دیفیوژن)

بر اساس معیارهای  CLSI (NCCLS)…………………………………………………………………………………… 42

جدول 6-3: اطلاعات  نمونه های کارشده ، گرفته شده  از مزارع گوشتی

شهرستان شیراز…………………………………………………………………………………………………………………………. 45

جدول 7-3: برنامه چرخه حرارتی PCR برای شناسایی ژن های اینتگراز 1 واینتگراز 2…… 50

جدول 8-3: برنامه چرخه حرارتی  PCR برای شناسایی کاست ژنی اینتگرون کلاس1 …… 50

جدول9-3: مشخصات مربوط به پرایمرهای مورد استفاده برای شناسایی ژن های

اینتگراز 1 و اینتگراز 2……………………………………………………………………………………………………………… 51

جدول10-3: مشخصات مربوط به پرایمرهای مورد استفاده برای شناسایی کاست ژنی

اینتگرون کلاس 1………………………………………………………………………………………………………………………. 51

جدول11-3: غلظت استوک مواد اولیه مورد استفاده در واکنش زنجیره­ای پلیمراز…………….. 51

جدول 12-3: ساخت محلول کار آماده جهت انجام Multiplex PCR برای شناسایی

ژنهای اینتگراز…………………………………………………………………………………………………………………………….. 52

عنوان                                                                                                                     صفحه

 

 

جدول 13-3: تهیه بافر TAE 50 بار………………………………………………………………………………………. 53

یک مطلب دیگر :

جدول14-3: ساخت محلول کار آماده جهت انجام  PCR برای شناسایی کاست ژنی

کلاس1 اینتگرون………………………………………………………………………………………………………………………. 55

جدول 1-4: مقاومت های چندگانه آنتی بیوتیکی در جدایه های اشریشیا کولی

بدست آمده از مراحل مختلف نمونه گیری در گله های گوشتی اطراف شیراز…………………….. 58

جدول 2-4: تعداد (درصد) موارد مثبت و منفی ژن اینتگراز1 در جدایه های E. coli

جداشده در سه مرحله مختلف از جوجه های گوشتی……………………………………………………………. 59

جدول 3-4: تعداد (درصد) موارد مثبت و منفی ژن اینتگراز2 در جدایه های E. coli

جداشده در سه مرحله مختلف از جوجه های گوشتی……………………………………………………………. 60

جدول 4-4: تعداد (درصد) موارد مثبت و منفی حضور همزمان ژنهای اینتگراز 1 و 2

در جدایه های E. coli  جداشده در سه مرحله مختلف از جوجه های گوشتی……………………. 61

جدول 5-4: تعداد (درصد) موارد مثبت و منفی ژن اینتگراز1 و ژن اینتگراز2 و حضور

همزمان هر دو ژن اینتگراز در تمام جدایه های E. coli  مورد بررسی در این مطالعه…………. 62

جدول 6-4: کد نمونه، طول کاست ژنی و ژنهای موجود در کاست ژنی

کلاس 1 اینتگرون‌ها در محصولات PCR تعیین ترادف شده…………………………………………………. 66

فهرست تصاویر

عنوان                                                                                                                     صفحه

 

 

تصویر 1-1 مکانیزم های توسعه مقاومت به آنتی بیوتیک  …………………………………………………… 19

تصویر 2-1 سه مکانیسم اصلی که توسط آن ژن های مقاومت آنتی بیوتیکی

به صورت افقی در میان باکتری ها منتقل می‌شوند ………………………………………………………………. 21

تصویر3-1) ساختمان کلی یک اینتگرون ………………………………………………………………………………… 24

تصویر4-1: ساختمان کلی کلاس1 اینتگرون‌ها ……………………………………………………………………… 25

تصویر 5-1: ساختار کلاس 1 اینتگرون‌ یافت شده در Tn402……………………………………………….. 26

تصویر6-1: ساختار اینتگرون کلاس2 موجود در Tn7 …………………………………………………………… 26

تصویر7-1: ساختار اولین اینتگرون کلاس 3 از ژاپن …………………………………………………………….. 27

تصویر8-1: ساختار کاستها همراه اینتگرون ……………………………………………………………………………. 28

تصویر8-1:ساختار شماتیک کاست وارد شده به اینتگرون ……………………………………………………. 29

تصویر9-1: مکانیسم ورود و بیان کاست‌های ژنی توسط اینتگرون کلاس1 ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………… 31

تصویر1-4: تصوی ژل الکتروفورز……………………………………………………………………………………………….. 63

تصویر 2-4: الگوی باند‌های محصولات PCR کاست ژنی کلاس 1 اینتگرون‌ها

با طول متفاوت پس از الکتروفورز روی ژل آگارز……………………………………………………………………… 64

تصویر 3-4: الگوی باند‌های محصولات PCR کاست ژنی کلاس 1 اینتگرون‌ها

با طول متفاوت پس از از الکتروفورز روی ژل آگارز………………………………………………………………….. 65

فهرست نمودارها

عنوان                                                                                                                     صفحه

 

 

نمودار1-4: درصد مقاومت های چندگانه آنتی بیوتیکی در جدایه های اشریشیا کولی

بدست آمده از مراحل مختلف نمونه گیری در گله های گوشتی اطراف شیراز……………………. 58

نمودار 2-4: نمودار درصد موارد مثبت و منفی ژن اینتگراز 1 در جدایه های E. coli

بدست آمده طی مراحل مختلف نمونه‌گیری در این مطالعه……………………………………………………. 59

نمودار 3-4: نمودار درصد موارد مثبت و منفی ژن اینتگراز 2 در جدایه های E. coli

بدست آمده طی مراحل مختلف نمونه‌گیری در این مطالعه………………………………………………….. 60

نمودار 4-4: نمودار درصد موارد مثبت و منفی حضور همزمان ژنهای اینتگراز 1 و 2