فصل اول. 1
مقدمه و کلیات.. 1
1-1- مقدمه. 2
2-1- اهداف پژوهش… 4
فصل دوم. 5
بررسی منابع. 5
2-1- اهداف اصلاح نژاد. 6
2-2- روشهای ارزیابی کلاسیک… 6
2-3- استفاده از منابع اطلاعاتی نشانگری.. 7
2-4- انتخاب به کمک نشانگر. 8
2-5- چند شکلیهای تک نوکلئوتیدی.. 9
2-6- میکرو تراشههای DNA.. 9
2-7- انتخاب ژنومی.. 10
2-8- مزایای انتخاب ژنومی.. 13
2-9- روشهای آماری پیشبینی ژنومی.. 13
2-10- روشهای بیزی در انتخاب ژنومی.. 16
2-11- استنباط ژنوتیپی.. 17
2-11-1- استنباط مبتنی بر شجره 18
2-11-2- استنباط مبتنی بر ساختار جمعیت.. 18
2-12- اصلاح نژاد ژنومی در گوسفند. 19
2-13- مروری بر نتایج برخی مطالعات انجام شده 20
فصل سوم. 26
مواد و روشها 26
3-1- شبیهسازی ژنوم. 27
3-2- شبیهسازی جمعیتها 27
3-3- محاسبه عدم تعادل لینکاژی.. 27
3-4- صفات مورد مطالعه. 28
3-5- سناریوهای مورد آزمایش… 29
3-5-1- توزیع اثرات QTL. 29
3-5-2- تعداد QTL. 29
3-5-3- وراثتپذیری صفت.. 29
3-5-4- تعداد مشاهدات.. 30
3-5-5- پایداری صحت پیشبینیها 30
3-6- روشهای ارزیابی.. 30
3-7- برآورد ارزشهای اصلاحی ژنومی.. 34
3-8- مقایسه صحت روشها 34
3-9- استنباط ژنوتیپی.. 34
3-10-1-روش تخصیص تصادفی.. 34
3-10-2- روش جنگل تصادفی.. 35
3-11- صحت استنباط ژنوتیپ.. 35
3-12- صحت پیشبینی ارزشهای اصلاحی ژنومی حاصل از ژنوتیپ استنباط شده 36
فصل چهارم. 37
نتایج.. 37
4-1- سطح عدم تعادل لینکاژی.. 38
4-2- صحت ارزیابیها در سناریوهای مختلف.. 38
4-3- توزیع اثرات ژنی.. 39
4-4- تعداد QTL. 40
4-5- وراثتپذیری صفت.. 41
4-6- تعداد افراد جمعیت مرجع. 44
4-7- پایداری صحت پیشبینی در نسلهای جمعیت تایید. 45
4-8- استنباط ژنوتیپی.. 48
فصل پنجم. 50
بحث و نتیجهگیری.. 50
5-1- بحث.. 51
5-2- نتیجهگیری.. 60
5-3- پیشنهادها 61
منابع و ماخذ. 62
فهرست جداول
عنوان | شماره صفحه |
جدول 4-1- صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی روشهای مورد مطالعه در تعداد افراد مرجع و وراثتپذیریهای مختلف | 46 |
فهرست شکلها
یک مطلب دیگر :
عنوان | شماره صفحه | |
شکل 2-1- فرایند انتخاب ژنومی | 12 | |
شکل 4-1- تغییرات عدم تعادل لینکاژی در نسلهای مختلف جمعیت تاریخی | 38 | |
شکل 4-2- صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی برای صفت تعداد همزادان با استفاده از روشهای بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در سه حالت توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما | 39 | |
شکل 4-3- صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی برای صفت زندهمانی با استفاده از روشهای بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در سه حالت توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما | 40 | |
شکل 4-4- صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی برای صفت تعداد همزادان با استفاده از روشهای بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در سه حالت توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما | 41 | |
شکل 4-5- صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی برای صفت زندهمانی با استفاده از روشهای بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در سه حالت توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما | 42 | |
شکل 4-6- صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی برای تعداد همزادان با استفاده از روشهای بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در وراثتپذیریهای مختلف و توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما | 43 | |
شکل 4-7- صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی برای صفت زندهمانی با استفاده از روشهای بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در وراثتپذیریهای مختلف و توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما | 43 | |
شکل 4-8- صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی برای صفت تعداد همزادان با استفاده از روشهای بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در تعداد افراد مرجع و وراثتپذیریهای مختلف | 44 | |
شکل 4-9- صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی برای صفت زندهمانی با استفاده از روشهای بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در تعداد افراد مرجع و وراثتپذیریهای مختلف | 45 | |
شکل 4-10- تابعیت صحت ارزشهای اصلاحی روشهای مورد مطالعه به نسل (صفت تعداد همزادان) | 47 | |
شکل 4-11- تابعیت صحت ارزشهای اصلاحی روشهای مورد مطالعه به نسل (صفت زندهمانی) | 47 | |
شکل 4-12- صحت استنباط ژنوتیپی با استفاده از روشهای جنگل تصادفی و روش انتساب تصادفی در سطح مختلف عدم تعادل لینکاژی و درصدهای مختلف ژنوتیپ ازدسترفته | 48 | |
شکل 4-13- صحت ارزیابی ژنومی صفت تعداد همزادان در سطح مختلف عدم تعادل لینکاژی و درصدهای مختلف ژنوتیپ ازدسترفته استنباط شده با استفاده از روشهای جنگل تصادفی و روش انتساب تصادفی. | 49 |
[پنجشنبه 1399-08-08] [ 04:33:00 ق.ظ ]
|