فصل اول. 1

مقدمه و کلیات.. 1

1-1- مقدمه. 2

2-1- اهداف پژوهش… 4

فصل دوم. 5

بررسی منابع. 5

2-1- اهداف اصلاح نژاد. 6

2-2- روش‌های ارزیابی کلاسیک… 6

2-3- استفاده از منابع اطلاعاتی نشانگری.. 7

2-4- انتخاب به کمک نشانگر. 8

2-5- چند شکلی‌های تک نوکلئوتیدی.. 9

2-6- میکرو تراشه‌های DNA.. 9

2-7- انتخاب ژنومی.. 10

2-8- مزایای انتخاب ژنومی.. 13

2-9- روش‌های آماری پیش‌بینی ژنومی.. 13

2-10- روش‌های بیزی در انتخاب ژنومی.. 16

2-11- استنباط ژنوتیپی.. 17

2-11-1- استنباط مبتنی بر شجره 18

2-11-2- استنباط مبتنی بر ساختار جمعیت.. 18

2-12- اصلاح نژاد ژنومی در گوسفند. 19

2-13- مروری بر نتایج برخی مطالعات انجام شده 20

فصل سوم. 26

مواد و روش‌ها 26

3-1- شبیه‌سازی ژنوم. 27

3-2- شبیه‌سازی جمعیت‌ها 27

3-3- محاسبه عدم تعادل لینکاژی.. 27

3-4- صفات مورد مطالعه. 28

3-5- سناریوهای مورد آزمایش… 29

3-5-1- توزیع اثرات QTL. 29

3-5-2- تعداد QTL. 29

3-5-3- وراثت‌پذیری صفت.. 29

3-5-4- تعداد مشاهدات.. 30

3-5-5- پایداری صحت پیش‌بینی‌ها 30

3-6- روش‌های ارزیابی.. 30

3-7- برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی.. 34

3-8- مقایسه صحت روش‌ها 34

3-9- استنباط ژنوتیپی.. 34

3-10-1-روش تخصیص تصادفی.. 34

3-10-2- روش جنگل تصادفی.. 35

3-11- صحت استنباط ژنوتیپ.. 35

3-12- صحت پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی ژنومی حاصل از ژنوتیپ استنباط شده 36

فصل چهارم. 37

نتایج.. 37

4-1- سطح عدم تعادل لینکاژی.. 38

4-2- صحت ارزیابی‌ها در سناریوهای مختلف.. 38

4-3- توزیع اثرات ژنی.. 39

4-4- تعداد QTL. 40

4-5- وراثت‌پذیری صفت.. 41

4-6- تعداد افراد جمعیت مرجع. 44

4-7- پایداری صحت پیش‌بینی در نسل‌های جمعیت تایید. 45

4-8- استنباط ژنوتیپی.. 48

فصل پنجم. 50

بحث و نتیجه‌گیری.. 50

5-1- بحث.. 51

5-2- نتیجه‌گیری.. 60

5-3- پیشنهادها 61

منابع و ماخذ. 62

فهرست جداول

 

 

عنوان	شماره صفحه
جدول 4-1- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی روش‌های مورد مطالعه در تعداد افراد مرجع و وراثت‌پذیری‌های مختلف	46

فهرست شکل‌ها

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

یک مطلب دیگر :

 

 

 

 

 

 

عنوان	شماره صفحه
شکل 2-1- فرایند انتخاب ژنومی		12
شکل 4-1- تغییرات عدم تعادل لینکاژی در نسل‌های مختلف جمعیت تاریخی		38
شکل 4-2- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفت تعداد همزادان با استفاده از روش‌های بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در سه حالت توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما		39
شکل 4-3- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفت زنده‌مانی با استفاده از روش‌های بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در سه حالت توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما		40
شکل 4-4- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفت تعداد همزادان با استفاده از روش‌های بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در سه حالت توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما		41
شکل 4-5- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفت زنده‌مانی با استفاده از روش‌های بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در سه حالت توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما		42
شکل 4-6- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای تعداد همزادان با استفاده از روش‌های بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در وراثت‌پذیری‌های مختلف و توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما		43
شکل 4-7- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفت زنده‌مانی با استفاده از روش‌های بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در وراثت‌پذیری‌های مختلف و توزیع اثرات ژنی یکنواخت، نرمال و گاما		43
شکل 4-8- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفت تعداد همزادان با استفاده از روش‌های بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در تعداد افراد مرجع و وراثت‌پذیری‌های مختلف		44
شکل 4-9- صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفت زنده‌مانی با استفاده از روش‌های بیز A (BA)، بیز B (BB)، بیز C (BC)، بیز لاسو (BL)، رگرسیون ریج بیزی (BRR) در تعداد افراد مرجع و وراثت‌پذیری‌های مختلف		45
شکل 4-10- تابعیت صحت ارزش‌های اصلاحی روش‌های مورد مطالعه به نسل (صفت تعداد همزادان)		47
شکل 4-11- تابعیت صحت ارزش‌های اصلاحی روش‌های مورد مطالعه به نسل (صفت زنده‌مانی)		47
شکل 4-12- صحت استنباط ژنوتیپی با استفاده از روش‌های جنگل تصادفی و روش انتساب تصادفی در سطح مختلف عدم تعادل لینکاژی و درصدهای مختلف ژنوتیپ ازدست‌رفته		48
شکل 4-13- صحت ارزیابی ژنومی صفت تعداد همزادان در سطح مختلف عدم تعادل لینکاژی و درصدهای مختلف ژنوتیپ ازدست‌رفته استنباط شده با استفاده از روش‌های جنگل تصادفی و روش انتساب تصادفی.		49