دکترای بررسی تنوع آللی ژن های کاندیدای تحمل به تنش شوری در ارقام ... |
 |
| فهرست مطالب | |
| عنوان | صفحه |
| مقدمه | 1 |
| فصل اول- بررسی منابع علمی | |
| فصل دوم- مواد و روشها | |
| 2-1- فرضیات تحقیق | |
| 2-2 – مواد گیاهی | |
| 2-3 – طراحی پرایمر | |
| 2-4- مدل ژنی ژنهای استفاده شده برای طراحی پرایمرها | |
| 2-5 – مشخصات پرایمرهای طراحی شده | |
| 2-6- تهیه نمونه DNAی ژنومی | |
| 2-7 – تعیین کیفیت و کمَیَت نمونههای DNA | |
| 2-8- واکنش زنجیرهای پلیمراز برای تست پرایمرها | |
| 2-9 – آزمون کارآیی پرایمرهای طراحی شده …. | |
| 2-10 – واکنش توالییابی | |
| 2-11 – آنالیز ژنتیکی دادههای توالییابی | |
| فصل سوم- نتایج و بحث | |
| 3-1- آنالیزقطعه کامل ژن HKT1 | |
| 3-2 – آنالیزقطعه کامل ژن CBL4 | |
| 3-3 – تخمین فراوانی نسبی SNP | |
| 3-4 – موتاسیونهای هموزیگوت در قطعات کامل توالی … | |
| 3-5- درخت فیلوژنی ژن HKT1 | |
| 3-6- درخت فیلوژنی ژن CBL4 | |
| 3-7- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن HKT1 | |
| 3-8- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 | |
| 3-9- آنالیز ژن HKT1 براساس قطعات تکثیری پرایمرها | |
| 3-9-1- آنالیز قطعه تکثیری پرایمر HKT1-1 | |
| 3-9-1-1 موتاسیونهای حذف و اضافه نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر HKT1-1 | |
| 3-9-1-2- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-1 | |
| 3-9-2- آنالیز قطعه تکثیری پرایمر HKT1-2 | |
| 3-9-2-1- موتاسیونهای حذف و اضافه نوکئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر HKT1-2 | |
| 3-9-2-2- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-2 |
ح
| فهرست مطالب | |
| عنوان | صفحه |
| 3-9-3- آنالیز قطعه تکثیری پرایمر HKT1-3 | |
| 3-9-3-1- موتاسیونهای حذف و اضافه نوکئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر HKT1-3 | |
| 3-9-3-2- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-3 | |
| 3-9-4- آنالیز قطعه تکثیری پرایمر HKT1-4 | |
| 3-9-4-1- موتاسیونهای حذف و اضافه نوکئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر HKT1-4 | |
| 3-9-4-2- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-4 | |
| 3-10- آنالیز ژن CBL4 بر اساس قطعات تکثیری پرایمرهای این ژن | |
| 3-10-1- آنالیز قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1 | |
| 3-10-1-1- موتاسیونهای حذف و اضافه نوکئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1 | |
| 3-10-1-2- – نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1 | |
| 3- 10-2- آنالیز قطعه تکثیری پرایمر CBL4-2 | |
| 3-10-2-1 موتاسیونهای حذف و اضافه نوکئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-2 | |
| 3-10-2-2- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-2 | |
| 3-10-3- آنالیز قطعه تکثیری پرایمر CBL4-3 | |
| 3-10-3-1- موتاسیونهای حذف و اضافه نوکئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-3 | |
| 3-10-3-2- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-3 | |
| 3-10-4- آنالیز قطعه تکثیری پرایمر CBL4-4 | |
| 3-10-4-1- موتاسیونهای حذف و اضافه نوکئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-4 | |
| 3-10-4-2- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-4 | |
| 3-11- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-3 | |
| 3-12- نقشههای هضم آنزیمی | |
| 3-13- حذف و اضافههای (Indels) نوکلئوتیدی | |
| 3-14- آنالیز هاپلوتیپی | |
| 3-15- آنالیز هاپلوتیپی | |
| 3-16- مشخصات مورفولوژیکی هاپلوتیپها | |
| 3-17- بررسی مورفولوژیکی هاپلوتیپها | |
| 3-18- نتیجه گیری کلی | |
| 3-19- پیشنهادات | |
| پیوستها: | |
| منابع |
خ
| فهرست شکلها | |
| عنوان | صفحه |
| شکل 1- شبکه سیگنالدهی CBL-CIPK در پاسخ به تنشهای غیر زنده | |
| شکل2- مسیر اختصاصی سیگنال دهی گیاه در پاسخ به تنش شوری | |
| شکل 2-1- منطقه کد کننده پروتئین ژن calcineurin B-like protein 4 (CBL4) در رقم Clipper جو | |
| شکل2- 2- توالی کامل ژن CBL4 و مشخصات منطقه کد کننده و توالی آمینو اسیدی در این ژن | |
| شکل 2-3- مدل ژنی ژن HvHKT1 | |
| شکل 2- 4 – توالی کامل ژن HvHKT1 و مشخصات منطقه کد کننده و توالی آمینو اسیدی در این ژن | |
| شکل 2-5- گیاهچههای 14 روزه که برای تهیه نمونه برگی استفاده شدند | |
| شکل 2-6- دستگاه Freezdryer برای خشک کردن نمونههای برگی | |
| شکل 2-7- دستگاه گریندر برای پودر کردن نمونههای برگی | |
| شکل 2-8- تصویرژل نمونههای DNA | |
| شکل 2-9- دستگاه ترموسایکلر مدل ABI Vertri 96 | |
| شکل 2-10- محصول PCR پنج پرایمر … | |
| شکل 2-11- دستگاه ABI3100 برای توالی یابی محصولات PCR و آنالیز ژنتیکی | |
| شکل 2-12- نمونهای از کروماتوگرام نمونههای توالییابی شده | |
| شکل 3- 1- توالی نوکلئوتیدی قطعه کامل ژن HKT1 | |
| شکل 3- 2 – توالی نوکلئوتیدی قطعه ژنی ژن CBL4 | |
| شکل 3- 3- درخت فیلوژنی ژن HKT1 | |
| شکل 3-4- درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ اول | |
| شکل 3- 5 – درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ دوم | |
| شکل 3-6– درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ سوم | |
| شکل 3-7– درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگچهارم | |
| شکل 3-8– درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ پنجم | |
| شکل 3-9– درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ ششم | |
| شکل 3- 10- نقشه هضم آنزیمی ژن HKT1 | |
| شکل 3- 11- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ اول | |
| شکل 3- 12 نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ دوم | |
| شکل 3- 13- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ سوم | |
| شکل 3- 14- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ چهارم | |
| شکل 3- 15- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ پنجم | |
|
د فهرست شکلها |
|
| عنوان | صفحه |
| شکل 3- 16- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ ششم | |
| شکل 3- 17- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ هفتم | |
| شکل 3- 18- توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر HKT1 | |
| شکل 3- 19- محل وقوع یک موتاسیون حذف نوکلئوتیدی … | |
| شکل 3- 20 – نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1- 1 | |
| شکل 3- 21 – توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-2 | |
| شکل 3- 22 – بخشی از کروماتوگرام ژنوتیپ شماره 9 … | |
| شکل 3- 23- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1- 2 | |
| شکل 3- 24 – توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-3 | |
| شکل 3- 25- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-3 | |
| شکل 3- 26 – توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-4 | |
| شکل 3- 27 – کروماتوگرام ژنوتیپهای شماره 81 (شکل بالا) و 91 (شکل پائین) | |
| شکل 3- 28 – نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1- 4 | |
| شکل 3- 29- توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر CBL4- 1 | |
| شکل 3- 30- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1 در کانتیگ اول | |
| شکل 3- 31 – نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1 در کانتیگ دوم | |
| شکل 3- 32 – نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1 در کانتیگ سوم | |
| شکل 3- 33 – توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-2 | |
| شکل 3- 34 – کروماتوگرام ژنوتیپ شماره 12 که محل وقوع 3 موتاسیون حذفی را نشان میدهد | |
| شکل 3- 35- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-2 | |
| 3- 36 – توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-2 | |
| شکل 3- 37- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-3 | |
| شکل 3- 38 – توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-4 | |
| شکل 3- 39 – نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4- 4 | |
| شکل 3- 40- توالی نوکلئوتیدی هاپلوتیپهای ژن CBL4 در مناطق دارای SNP |
برای دیدن جزییات بیشتر و دانلود پایان نامه اینجا کلیک کنید
یک مطلب دیگر :
| فهرست جدولها | |
| عنوان | صفحه |
| جدول 2-1- نام و توالی پرایمرهای طراحی شده برای ژنهای HvHKT1 و CBL4 | |
| جدول 2-2 – مواد مورد نیاز برای واکنش PCR | |
| جدول 2-3- مواد مورد نیاز برای انجام دومین واکنش PCR در توالییابی | |
| جدول 3-1 – مشخصات انواع موتاسیونهای نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری ژن HKT1 | |
| جدول 3-2- مشخصات انواع موتاسیونهای نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری ژن CBL4 | |
| جدول 3-3- مشخصات ژنوتیپهای شاخه اصلی اول در درخت فیلوژنی ژن HKT1 | |
| جدول 3-4- مشخصات ژنوتیپهای شاخه اصلی دوم در درخت فیلوژنی ژن HKT1 | |
| جدول 3-5- مشخصات ژنوتیپهای شاخههای اصلی سوم، چهارم، پنجم وششم در درخت فیلوژنی ژن HKT1 | |
| جدول 3-6 – مشخصات ژنوتیپهای شاخههای اصلی هفتم در درخت فیلوژنی ژن HKT1 | |
| جدول 3-7- مشخصات ژنوتیپهای شاخههای اصلی هشتم، نهم، دهم، یازدهم و دوازدهم در درخت فیلوژنی ژن HKT1 | |
| جدول 3-8- مشخصات ژنوتیپهای درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ اول | |
| جدول 3-9- مشخصات ژنوتیپهای درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ دوم | |
| جدول 3-10– مشخصات ژنوتیپهای درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ سوم | |
| جدول 3- 11- مشخصات ژنوتیپهای درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ چهارم | |
| جدول 3-12- مشخصات ژنوتیپهای درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ پنجم | |
| جدول 3-13- مشخصات ژنوتیپهای درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ ششم | |
| جدول 3-14- مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیمهای برشی در قطعه تکثیری ژن HKT1 | |
| جدول 3-15- مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیمهای برشی در قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ اول | |
| جدول 3-16- مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیمهای برشی در قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ دوم | |
| جدول 3-17- مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیمهای برشی در قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ سوم | |
| جدول 3-18- مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیمهای برشی در قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ چهارم | |
| جدول 3-19- مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیمهای برشی در قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ پنجم | |
|
جدول 3-20- مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیمهای برشی در قطعه …
ر |
|
|
فهرست جدولها |
|
| عنوان | صفحه |
| 3-21- تعداد موتاسیونهای نوکلئوتیدی در قطعات تکثیری پرایمر HKT1-1 | |
| 3-22- مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیمهای برشی … | |
| 3-23- تعداد و انواع موتاسیونهای حذف و اضافه در قطعات تکثیری پرایمر HKT1-2 | |
| 3- 24- تعداد انواع موتاسیونهای نوکلئوتیدی در قطعات تکثیری پرایمر HKT1-2 | |
| 3-25- تعداد انواع موتاسیونهای نوکلئوتیدی در قطعات تکثیری پرایمر HKT1-3 | |
| 3-26- تعداد انواع موتاسیونهای نوکلئوتیدی در قطعات تکثیری پرایمر HKT1-4 | |
| 3-27- تعداد و انواع موتاسیونهای حذف و اضافه نوکلئوتیدی در کانتیگ های قطعه تکثیری … | |
| 3-28- تعداد و انواع موتاسیونهای نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1 | |
| 3-29- مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیمهای برشی در قطعه تکثیری … | |
| 3-30- تعداد و انواع موتاسیونهای نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-2 | |
| 3-31- تعداد و انواع موتاسیونهای نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-3 | |
| 3- 32- مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیمهای برشی در قطعه تکثیری …. | |
| 3-33- تعداد و انواع موتاسیونهای حذف و اضافه نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-4 | |
| 3-34- تعداد و انواع موتاسیونهای نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-4 | |
| 3-35- مشخصات موتاسیونهای نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیمهای برشی در قطعه تکثیری … | |
| 3-36- دسته بندی ژنوتیپها | |
| 3-37- مشخصات گروه هاپلوتیپی | |
| 3-38- مشخصات آماری SNPهای بالقوه و واقعی در دسته سوم | |
| 3-39- مشخصات آماری SNPهای واقعی و هاپلوتیپها در دسته سوم | |
| 3-40- مشخصات کامل SNPهای بالقوه در دسته سوم | |
| 3-41- مشخصات مورفولوژیکی سه هاپلوتیپ شناخته شده در آزمایش |
فرم در حال بارگذاری ...
|
[پنجشنبه 1399-08-08] [ 01:35:00 ق.ظ ]
|
