فهرست مطالب
عنوان	صفحه
مقدمه	1
فصل اول- بررسی منابع علمی
فصل دوم- مواد و روش­ها
2-1-  فرضیات تحقیق
2-2 – مواد گیاهی
2-3 – طراحی پرایمر
2-4- مدل ژنی ژن­های استفاده شده برای طراحی پرایمرها
2-5 – مشخصات پرایمرهای طراحی شده
2-6- تهیه نمونه DNAی ژنومی
2-7 – تعیین کیفیت و کمَیَت نمونه­های DNA
2-8-  واکنش زنجیره­ای پلیمراز برای تست پرایمرها
2-9 – آزمون کارآیی پرایمرهای طراحی شده ….
2-10 – واکنش توالی­یابی
2-11 – آنالیز ژنتیکی داده­های توالی­یابی
فصل سوم- نتایج و بحث
3-1- آنالیزقطعه کامل ژن HKT1
3-2 – آنالیزقطعه کامل ژن CBL4
3-3 – تخمین فراوانی نسبی SNP
3-4 – موتاسیون­های هموزیگوت در قطعات کامل توالی …
3-5- درخت فیلوژنی ژن HKT1
3-6- درخت فیلوژنی ژن CBL4
3-7- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن HKT1
3-8- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4
3-9- آنالیز ژن HKT1 براساس قطعات تکثیری پرایمرها
3-9-1- آنالیز قطعه تکثیری پرایمر HKT1-1
3-9-1-1 موتاسیون­های حذف و اضافه نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر HKT1-1
3-9-1-2- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-1
3-9-2- آنالیز قطعه تکثیری پرایمر HKT1-2
3-9-2-1- موتاسیون­های حذف و اضافه نوکئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر HKT1-2
3-9-2-2- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-2

 

ح

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

فهرست مطالب
عنوان	صفحه
3-9-3- آنالیز قطعه تکثیری پرایمر HKT1-3
3-9-3-1- موتاسیون­های حذف و اضافه نوکئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر HKT1-3
3-9-3-2- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-3
3-9-4- آنالیز قطعه تکثیری پرایمر HKT1-4
3-9-4-1- موتاسیون­های حذف و اضافه نوکئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر HKT1-4
3-9-4-2- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-4
3-10- آنالیز ژن CBL4 بر اساس قطعات تکثیری پرایمرهای این ژن
3-10-1- آنالیز قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1
3-10-1-1- موتاسیون­های حذف و اضافه نوکئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1
3-10-1-2- – نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1
3- 10-2- آنالیز قطعه تکثیری پرایمر CBL4-2
3-10-2-1 موتاسیون­های حذف و اضافه نوکئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-2
3-10-2-2- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-2
3-10-3- آنالیز قطعه تکثیری پرایمر CBL4-3
3-10-3-1- موتاسیون­های حذف و اضافه نوکئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-3
3-10-3-2- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-3
3-10-4- آنالیز قطعه تکثیری پرایمر CBL4-4
3-10-4-1- موتاسیون­های حذف و اضافه نوکئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-4
3-10-4-2- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-4
3-11- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-3
3-12-  نقشه­های هضم آنزیمی
3-13-  حذف و اضافه­های (Indels) نوکلئوتیدی
3-14- آنالیز هاپلوتیپی
3-15- آنالیز هاپلوتیپی
3-16- مشخصات مورفولوژیکی هاپلوتیپ­ها
3-17- بررسی مورفولوژیکی هاپلوتیپها
3-18- نتیجه گیری کلی
3-19- پیشنهادات
پیوستها:
منابع

 

خ

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

فهرست شکلها
عنوان	صفحه
شکل 1- شبکه سیگنال­دهی CBL-CIPK در پاسخ به تنش­های غیر زنده
شکل2- مسیر اختصاصی سیگنال دهی گیاه در پاسخ به تنش شوری
شکل 2-1-  منطقه کد کننده پروتئین ژن calcineurin B-like protein 4 (CBL4) در رقم Clipper جو
شکل2- 2-  توالی کامل ژن CBL4 و مشخصات منطقه کد کننده و توالی آمینو اسیدی در این ژن
شکل 2-3-  مدل ژنی ژن HvHKT1
شکل 2- 4 – توالی کامل ژن HvHKT1 و مشخصات منطقه کد کننده و توالی آمینو اسیدی در این ژن
شکل 2-5- گیاهچه­های 14 روزه که برای تهیه نمونه برگی استفاده شدند
شکل 2-6- دستگاه Freezdryer برای خشک کردن نمونه­های برگی
شکل 2-7- دستگاه گریندر برای پودر کردن نمونه­های برگی
شکل 2-8- تصویرژل نمونه­های DNA
شکل 2-9- دستگاه ترموسایکلر مدل ABI Vertri 96
شکل 2-10- محصول PCR پنج پرایمر …
شکل 2-11- دستگاه ABI3100 برای توالی یابی محصولات PCR  و آنالیز ژنتیکی
شکل 2-12- نمونه­ای از کروماتوگرام نمونه­های توالی­یابی شده
شکل 3- 1- توالی نوکلئوتیدی قطعه کامل ژن HKT1
شکل 3- 2 – توالی نوکلئوتیدی قطعه ژنی ژن CBL4
شکل 3- 3- درخت فیلوژنی ژن HKT1
شکل 3-4- درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ اول
شکل 3- 5 – درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ دوم
شکل 3-6– درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ سوم
شکل 3-7– درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگچهارم
شکل 3-8– درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ پنجم
شکل 3-9– درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ ششم
شکل 3- 10-  نقشه هضم آنزیمی ژن HKT1
شکل 3- 11- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ اول
شکل 3- 12 نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ دوم
شکل 3- 13-  نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ سوم
شکل 3- 14-  نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ چهارم
شکل 3- 15-  نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ پنجم
د فهرست شکلها
عنوان	صفحه
شکل 3- 16-  نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ ششم
شکل 3- 17-  نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ هفتم
شکل 3- 18- توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر HKT1
شکل 3- 19- محل وقوع یک موتاسیون حذف نوکلئوتیدی …
شکل 3- 20 – نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1- 1
شکل 3- 21 – توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-2
شکل 3- 22 – بخشی از کروماتوگرام ژنوتیپ شماره 9 …
شکل 3- 23-  نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1- 2
شکل 3- 24 – توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-3
شکل 3- 25- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-3
شکل 3- 26 – توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-4
شکل 3- 27 – کروماتوگرام­ ژنوتیپ­های شماره 81 (شکل بالا) و 91 (شکل پائین)
شکل 3- 28 – نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1- 4
شکل 3- 29- توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر CBL4- 1
شکل 3- 30-  نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1 در کانتیگ اول
شکل 3- 31 – نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1 در کانتیگ دوم
شکل 3- 32 – نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1 در کانتیگ سوم
شکل 3- 33 – توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-2
شکل 3- 34 – کروماتوگرام ژنوتیپ شماره 12 که محل وقوع 3 موتاسیون­ حذفی را نشان می­دهد
شکل 3- 35- نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-2
3- 36 – توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-2
شکل 3- 37-  نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-3
شکل 3- 38 – توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر CBL4-4
شکل 3- 39 – نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر CBL4- 4
شکل 3- 40-  توالی نوکلئوتیدی هاپلوتیپ­های ژن CBL4 در مناطق دارای SNP

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

برای دیدن جزییات بیشتر و دانلود پایان نامه اینجا کلیک کنید

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

یک مطلب دیگر :

پاکسازی رگ های خونی بدن

 

فهرست جدولها
عنوان	صفحه
جدول 2-1- نام و توالی پرایمرهای طراحی شده برای ژن­های HvHKT1 و CBL4
جدول 2-2 – مواد مورد نیاز برای واکنش PCR
جدول 2-3-  مواد مورد نیاز برای انجام دومین واکنش PCR در توالی­یابی
جدول 3-1 – مشخصات انواع موتاسیون­های نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری ژن HKT1
جدول 3-2- مشخصات انواع موتاسیون­های نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری ژن CBL4
جدول 3-3- مشخصات ژنوتیپ­های شاخه اصلی اول در درخت فیلوژنی ژن HKT1
جدول 3-4- مشخصات ژنوتیپ­های شاخه اصلی دوم در درخت فیلوژنی ژن HKT1
جدول 3-5- مشخصات ژنوتیپ­های شاخه­های اصلی سوم، چهارم، پنجم وششم در درخت فیلوژنی ژن HKT1
جدول 3-6 – مشخصات ژنوتیپ­های شاخه­های اصلی هفتم در درخت فیلوژنی ژن HKT1
جدول 3-7- مشخصات ژنوتیپ­های شاخه­های اصلی هشتم، نهم، دهم، یازدهم و دوازدهم در درخت فیلوژنی ژن HKT1
جدول 3-8- مشخصات ژنوتیپهای درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ اول
جدول 3-9-  مشخصات ژنوتیپ­های درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ دوم
جدول 3-10– مشخصات ژنوتیپ­های درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ سوم
جدول 3- 11- مشخصات ژنوتیپ­های درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ چهارم
جدول 3-12- مشخصات ژنوتیپ­های درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ پنجم
جدول 3-13- مشخصات ژنوتیپ­های درخت فیلوژنی ژن CBL4 در کانتیگ ششم
جدول 3-14- مشخصات موتاسیون­های نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیم­های برشی در قطعه تکثیری ژن HKT1
جدول 3-15- مشخصات موتاسیون­های نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیم­های برشی در قطعه تکثیری ژن  CBL4 در کانتیگ اول
جدول 3-16- مشخصات موتاسیون­های نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیم­های برشی در قطعه تکثیری ژن  CBL4 در کانتیگ دوم
جدول 3-17- مشخصات موتاسیون­های نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیم­های برشی در قطعه تکثیری ژن  CBL4 در کانتیگ سوم
جدول 3-18- مشخصات موتاسیون­های نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیم­های برشی در قطعه تکثیری ژن  CBL4 در کانتیگ چهارم
جدول 3-19- مشخصات موتاسیون­های نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیم­های برشی در قطعه تکثیری ژن  CBL4 در کانتیگ پنجم
جدول 3-20- مشخصات موتاسیون­های نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیم­های برشی در قطعه …    ر
فهرست جدولها
عنوان	صفحه
3-21- تعداد موتاسیون­های نوکلئوتیدی در قطعات تکثیری پرایمر HKT1-1
3-22- مشخصات موتاسیون­های نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیم­های برشی …
3-23- تعداد و  انواع موتاسیون­های حذف و اضافه در قطعات تکثیری پرایمر HKT1-2
3- 24- تعداد انواع موتاسیون­های نوکلئوتیدی در قطعات تکثیری پرایمر HKT1-2
3-25- تعداد انواع موتاسیون­های نوکلئوتیدی در قطعات تکثیری پرایمر HKT1-3
3-26- تعداد انواع موتاسیون­های نوکلئوتیدی در قطعات تکثیری پرایمر HKT1-4
3-27- تعداد و انواع موتاسیون­های حذف و اضافه نوکلئوتیدی در کانتیگ ­های قطعه تکثیری …
3-28- تعداد و انواع موتاسیون­های نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1
3-29- مشخصات موتاسیون­های نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیم­های برشی در قطعه تکثیری …
3-30- تعداد و انواع موتاسیون­های نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-2
3-31- تعداد و انواع موتاسیون­های نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-3
3- 32- مشخصات موتاسیون­های نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیم­های برشی در قطعه تکثیری ….
3-33- تعداد و  انواع موتاسیون­های حذف و اضافه نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-4
3-34- تعداد و انواع موتاسیون­های نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-4
3-35- مشخصات موتاسیون­های نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیم­های برشی در قطعه تکثیری …
3-36- دسته بندی ژنوتیپ­ها
3-37- مشخصات گروه هاپلوتیپی
3-38- مشخصات آماری SNPهای بالقوه و واقعی در دسته سوم
3-39- مشخصات آماری SNPهای واقعی و هاپلوتیپ­ها در دسته سوم
3-40- مشخصات کامل SNPهای بالقوه در دسته سوم
3-41- مشخصات مورفولوژیکی سه هاپلوتیپ شناخته شده در آزمایش