1-2-5- طبقه­بندی زراعی برنج. 10

1-2-6- واریته­های محلی و پرمحصول. 10

1-2-7- اندام­های رویشی گیاه برنج 10

1-2-8- اندام­های زایشی گیاه برنج. 11

1-2-9- خواص دانه برنج. 12

1-2-10-مدت رویش گیاه 13

1-2-11- شرایط محیطی مناسب برای رویش برنج. 13

1-2-12- اهمیت اقتصادی برنج. 14

1-3- مروری بر شوری. 14

1-3-1- تعریف شوری. 15

1-3-2- مشکلات ناشی از شوری در گیاهان. 16

1-3-3- اثرات شوری. 17

الف- اثر شوری بر جوانه زنی گیاه 17

ب- اثر شوری بر رشد رویشی. 17

ج- شوری و فتوسنتز. 18

د- اثر شوری بر غلظت قندهای احیا شونده 19

1-3-4- چگونگی درک تنش در گیاه 19

1-3-5- مکانیسم­های تحمل به شوری. 20

الف- کنترل شوری در سطح گیاه کامل. 20

ب- کنترل شوری در سطح سلولی. 21

 

ج- کنترل شوری در سطح مولکولی (مکانیسم ژنتیکی تحمل به شوری) 23

1-3-6- علایم شوری و تأثیر آن بر رشد گیاه برنج. 24

1-3-7- تحمل به شوری در گیاه برنج. 24

1-3-8- اصلاح تحمل به شوری. 27

1-3-9- ضرورت اصلاح تحمل به شوری. 28

1-3-10- تنوع ژنتیکی در تحمل به شوری. 29

1-3-11- ارزیابی تحمل به شوری. 30

1-3-12- رهیافت بیوتکنولوژیکی برای تحمل به شوری. 31

1-4- نشانگرهای مورد استفاده در تجزیه QTL. 33

1-4-1- نشانگر‌های ژنتیكی. 33

1-4-1-1- نشانگر‌های مورفولوژیكی. 33

1-4-1-2- نشانگرهای مولكولی. 34

الف – نشانگر‌های بیوشیمیایی. 34

ب- نشانگر‌های DNA. 35

1-5- نشانگرهای SSR. 37

1-5-1- مزایا و خصوصیات نشانگرهای SSR. 38

1-5-2-كاربرد‌های ماركر SSR. 39

1-6- نشانگرهای مبتنی بر ژن‌های كاندید. 39

نقشه­های پیوستگی ژنتیکی. 40

1-8- تجزیه ژنتیکی صفات کمی. 41

یک مطلب دیگر :

1-9- اصول مکان­یابی QTL. 41

1-9-1- جمعیت­های در حال تفرق 41

1-9-2 مقایسه انواع مختلف جمعیت­های نقشه­یابی. 43

1-9-3- روش­های آماری برای مکان­یابی QTL. 45

الف- روش­های مبتنی بر صفت.. 45

ب- روش های مبتنی بر نشانگر. 46

1-10- روش تجزیه تک نشانگری. 46

1-11- روش نقشه­یابی فاصله­ای. 46

1-12- نقشه­یابی فاصله­ای مركب 47

1-13- نرم­افزارهای مورد استفاده در تجزیه QTL. 51

1-14- انتخاب به کمک نشانگر. 53

1-15- تنوع هاپلوتیپی. 54

فصل دوم

2-1- تهیه نمونه­های گیاهی. 56

2-2- ارزیابی فنوتیپی جمعیت اینبرد نوترکیب.. 56

2-3- ارزیابی فنوتیپی ارقام ایرانی. 58

2-4- استخراج  DNAژنومی. 59

2-4-1- تعیین كمیت و كیفیت DNA. 60

2-4-1-الف- روش اسپكتروفتومتری. 60

2-4-1-ب- روش الكتروفورز ژل آگاروز 61

2-5- ریزماهواره­ها 61

2-6- محتویات و برنامه واکنش زنجیره ای پلیمراز(PCR) 63

2-7- تهیه ژل پلی­اکریل­آمید. 64

2-8- الکتروفورز و رنگ­آمیزی. 65

2-9- تجزیه آماری داده‌ها 65

2-9-1- بررسی تنوع ژنتیکی ارقام ایرانی. 65

2-9-2- ترسیم نقشه یابی ژنتیکی و مکان یابی QTLها 67

فصل سوم

3-1- مکان­یابی ژن­های کنترل­کننده تحمل به شوری در جمعیت اینبرد نوترکیب برنج. 69

3-1-1- ارزیابی فنوتیپی جمعیت اینبرد نوترکیب.. 69

3-1-2- ترسیم نقشه پیوستگی. 73

3-1-3- نتایج تجزیه تک نشانگری. 74

3-1-4- نتایج مکان­یابی فاصله­ای مرکب.. 75

3-2- بررسی تنوع هاپلوتایپی ناحیه Saltol و ناحیه پایین آن در ارقام برنج ایرانی. 79

3-2-1- ارزیابی تنوع فنوتیپی ارقام برنج ایرانی. 79

3-2-2- ارزیابی ارقام برنج ایرانی با استفاده از شاخص­های تحمل به شوری. 87

3-2-3- بررسی تنوع هاپلوتایپی ناحیه کروموزومی Saltol ارقام برنج ایرانی. 91

پیشنهادات.. 95

منابع و م‍‍آخذ: 96

 

1-1- مقدمه و اهداف