1-1-5- تاکسونومی  R. solanacearum.. 11

1-1-6- علائم بیماری پژمردگی باکتریایی ناشی از R. solanacearum.. 13

الف- روی سیب­زمینی.. 13

ب- روی گوجه­فرنگی.. 14

ج- روی شمعدانی.. 14

د- روی توتون.. 14

1-1-7- چرخه بیماری و اپیدمیولوژی.. 15

1-1-8- تشخیص و شناسایی باکتری  R. solanacearum.. 16

1-1-9- راه­های پراکنش باکتری R. solanacearum.. 17

1-1-10- اهمیت اقتصادی بیماری پژمردگی باکتریایی سیب­زمینی.. 17

1-1-11- میزبان­های باکتری R. solanacearum.. 18

1-1-12- مدیریت بیماری پژمردگی باکتریایی سیب­زمینی.. 20

1-2- قارچ Colletotrichum coccodes. 24

1-2-1- مقدمه. 24

1-2-2- خصوصیات قارچ عامل بیماری خال سیاه سیب­زمینی.. 25

1-2-3- تاریخچه بیماری خال سیاه سیب‌زمینی در ایران و جهان.. 26

1-2-4- موقعیت تاکسونومیکی.. 27

1-2-5- آلودگی و توسعه علائم.. 29

1-2-6- علائم بیماری خال سیاه. 31

1-2-7- جداسازی، تشخیص و شناسایی قارچ عامل بیماری خال سیاه سیب­زمینی.. 32

1-2-8- اهمیت بیماری خال سیاه سیب­زمینی.. 33

1-2-9- اپیدمیولوژی بیماری خال سیاه سیب­زمینی.. 34

1-2-10- پراکنش ودامنه میزبانی بیماری خال سیاه سیب­زمینی.. 35

1-2-11- تنوع قارچ C. coccodes. 36

1-2-12- کنترل بیماری خال سیاه سیب­زمینی.. 38

الف- کنترل زراعی.. 38

ب- کنترل شیمیایی.. 39

ج- ارقام مقاوم. 40

1-3- اثر متقابل بین دو بیمارگر. 40

1-4- بررسی­های ژنتیکی عوامل بیماری­زای گیاهی.. 44

1-4-1- مارکرهای مولکولی.. 44

الف- نشانگر RAPD.. 45

1-4-2- مارکرهای بیوشیمیایی.. 45

الف- SDS-PAGE.. 45

فصل دوم: مواد و روش­ها

2-1- نمونه برداری از مزارع آلوده سیب­زمینی.. 47

2-2- جداسازی عوامل بیماری­زای قارچی و باکتریایی از قسمت­های آلوده. 47

2-2-1- جداسازی جدایه­های C. coccodes. 47

2-2-2- جداسازی استرین­های باکتری R. solanacearum.. 49

2-3- خالص­سازی و نگهداری.. 49

2-3-1- خالص­سازی و نگهداری جدایه­های C. coccodes. 49

2-3-2- خالص­سازی و نگهداری استرین­های باکتری R. solanacearum.. 50

2-4- شناسایی.. 51

2-4-1 – شناسایی Colletotrichum coccodes. 51

الف- بررسی ویژگی­های ماکروسکوپی.. 51

ب- بررسی ویژگی­های میکروسکوپی.. 51

2-4-2- شناسایی Ralstonia solanacearum.. 52

الف- بررسی خصوصیات فنوتیپی.. 52

2-5- تهیه محیط کشت­ها و محلول­های مورد استفاده در آزمون­های.. 53

2-5-1- محیط پایه گلوکز- پپتون- آگار. 53

2-5-2- محیط Ayer’s. 53

2-5-3- محیط TTC.. 54

2-6- آزمون بیماری­زایی.. 54

2-6-1- آزمون بیماری­زایی قارچ C. coccodes. 54

الف- روی میوه گوجه­فرنگی.. 54

ب- روی گیاه سیب­زمینی.. 55

2-6-2- آزمون بیماری­زایی باکتری R. solanacearum.. 55

2-7- تهیه مایه تلقیح.. 55

2-7-1- تهیه اینوکولوم قارچ C. coccodes. 55

2-7-2- تهیه سوسپانسیون اسپور قارچ C. coccodes. 56

2-7-3- تهیه سوسپانسیون باکتری R. solanacearum.. 56

2-8- بررسی­های گلخانه­ای.. 57

2-8-1- تهیه خاک و غده سیب­زمینی.. 57

2-8-2- كاشت غده­های سیب­زمینی و تلقیح عوامل بیماری­زا 57

الف- اضافه کردن اینوکولوم قارچ C. coccodes و باکتری R. solanacearum به خاک…. 57

ب- آغشته­سازی غده­های سیب­زمینی با قارچ C. coccodes و باکتری R. solanacearum.. 58

2-8-3- طرح آزمایش و آنالیز نتایج حاصل.. 58

2-9- استخراج DNA ژنومی قارچ C. coccodes. 59

2-9-1- تولید میسلیوم. 59

2-9-2 استخراج DNA به روش لی و تیلر. 60

یک مطلب دیگر :

2-9-3- تعیین كمیت و كیفیت DNA.. 61

2-10- نشانگر RAPD برای بررسی تنوع قارچ C. coccodes. 62

2-10-1- تنظیم شرایط PCR.. 62

الف- آغازگرهای واکنش RAPD.. 63

ب- dNTPs. 64

ج- كلرید منیزیم MgCl₂ 64

د- بافر PCR (با غلظت 10 برابر). 64

ه- آنزیم Taq DNA polymerase. 64

2-11- الكتروفورز فرآورده‌های تكثیر شده. 65

2-12- تجزیه و تحلیل داده‌های RAPD.. 65

2-13- استخراج پروتئین باکتری R. solanacearum.. 65

2-13-1- محلول­های مورد نیاز برای استخراج پروتئین­های محلول سلولی باکتری R. solanacearum.. 66

الف- بافر Tris-Hcl 5/1 مولار با pH: 6.8. 66

2-13-2- تهیه بافر استخراج.. 66

2-14- الکتروفورز پروتئین­های محلول سلولی باکتری R. solanacearum.. 67

2-14-1- تهیه ژل اکریل­آمید.. 67

الف- ژل زیرین.. 67

ب- ژل بالایی.. 68

2-14-2- بافر تانک….. 68

2-15- رنگ­آمیزی ژل اکریل­آمید.. 69

2-15-1- تهیه محلول رنگ­آمیزی.. 69

2-16- رنگ­بری ژل اکریل­آمید.. 69

2-16-1- تهیه محلول رنگ­بر. 69

2-17- نگهداری ژل.. 69

 فصل سوم: نتایج و بحث

3-1- جداسازی و شناسایی.. 70

3-1-1 – قارچ Colletotrichum coccodes. 70

الف- ریخت شناسی پرگنه. 70

ب- ویژگی­های میکروسکوپی.. 71

3-1-2- باکتری Ralstonia solanacearum.. 73

الف- تست­های فنوتیپی.. 73

ب- واکنش فوق حساسیت در توتون.. 74

3-2- آزمون بیماری­زایی.. 75

3-2-1- آزمون بیماری­زایی قارچ C. coccodes. 75

3-2-2- آزمون بیماری­زایی باکتری R. solanacearum.. 78

3-3- بررسی اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum.. 79

3-3-1- بررسی اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum در رقم آگریا 83

الف- اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum روی طول ساقه سیب­زمینی رقم آگریا 83

ب- اثرمتقابل C. coccodes و R. solanacearum روی طول ریشه سیب­زمینی رقم آگریا 85

ج- اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum روی وزن تر ساقه سیب­زمینی رقم آگریا 86

د- اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum روی وزن تر ریشه سیب­زمینی رقم آگریا 87

ه- اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum روی وزن خشک ساقه سیب­زمینی رقم آگریا 87

و- اثر متقابل  C. coccodes و R. solanacearum روی وزن خشک ریشه سیب­زمینی رقم آگریا 88

ز- اثر تیمارهای مختلف روی کلونیزاسیون ریشه توسط میکرواسکلروت قارچ C. coccodes. 89

ح- بحث در مورد بررسی اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum در رقم آگریا 90

3-3-2- بررسی اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum در رقم بورن.. 91

الف- اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum روی طول ساقه سیب­زمینی رقم بورن.. 91

ب- اثرمتقابل C. coccodes و R. solanacearum روی طول ریشه سیب­زمینی رقم بورن.. 92

ج- اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum روی وزن تر ساقه سیب­زمینی رقم بورن.. 94

د- اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum روی وزن تر ریشه سیب­زمینی رقم بورن.. 95

ه- اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum روی وزن خشک ساقه سیب­زمینی رقم بورن.. 96

و- اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum روی وزن خشک ریشه سیب­زمینی رقم بورن.. 97

ز- اثر تیمارهای مختلف روی کلونیزاسیون ریشه توسط میکرواسکلروت C. coccodes. 98

ح- بحث در مورد بررسی اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum در رقم بورن.. 99

3-3-3- بررسی اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum در رقم دیامانت… 100

الف- اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum روی طول ساقه سیب­زمینی رقم دیامانت… 100

ب- اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum روی طول ریشه سیب­زمینی رقم دیامانت… 102

ج- اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum روی وزن تر ساقه سیب­زمینی رقم دیامانت… 102

د- اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum روی وزن تر ریشه سیب­زمینی رقم دیامانت… 103

ه- اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum روی وزن خشک ساقه سیب­زمینی رقم دیامانت… 104

و- اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum روی وزن خشک ریشه سیب­زمینی رقم دیامانت… 105

ز- اثر تیمارهای مختلف روی کلونیزاسیون ریشه توسط میکرواسکلروت قارچ C. coccodes. 106

ح- بحث در مورد بررسی اثر متقابل C. coccodes و R. solanacearum در رقم دیامانت… 106

3-3-4- بحث کلی راجع به اثر متقابل R. solanacearum و C. coccodes در گیاه سیب­زمینی.. 107

3-4- بررسی­های ژنتیکی.. 110

3-4-1- بررسی­های مولكولی.. 110

الف- نشانگر RAPD.. 111

3-4-2- بررسی­های بیوشیمیایی باکتری R. solanacearum.. 115